Охрана природных комплексов и объектов на территории заповедника осуществляется специальной государственной инспекцией по охране  территории заповедника, работники которой входят в штат заповедника.

В состав специальной государственной инспекции по охране территории заповедника входят: директор заповедника, являющийся главным государственным инспектором, его заместители, являющиеся заместителем главного государственного инспектора, старшие государственные инспектора, участковые государственные инспектора и государственные инспектора по охране территории заповедника.

 Штат службы охраны заповедника

Заповедник "Ботчинский" имеет на территории  два кордона  круглогодичного действия:  «Теплый ключ» и «Корейский». Кордон «Гроссевичи» функционирует также круглогодично, но он расположен в охранной зоне заповедника. На этих кордонах несут службу государственные инспектора. Ещё на территории заповедника организовано семь промежуточных кордонов. Они используются во время учетных и научно-исследовательских работ. Кордоны круглогодового действия оснащены служебными помещениями,  радиосвязью, спутниковой связью, электрогенераторами. Имеются автомобили УАЗ и ГАЗ – 66, а также снегоходы «Буран», «Ямаха», «Скандик».

Служба охраны заповедника проводит совместные рейды с сотрудниками милиции, рыбоохраны, коллегами из других заповедников, посещают соревнования и курсы повышения квалификации. Государственные инспектора охраны принимают участие в научно-исследовательских работах, сопровождают научных сотрудников и экскурсионные группы по территории заповедника, обустраивают территорию кордона.

Помимо охраны территории заповедника, в зимний период государственные инспектора принимают участие в ежегодном мониторинге Амурского тигра, учете копытных. В летнее время государственные инспектора участвуют в обнаружении и тушении лесных пожаров. С 2000 года по 2010 год на территории заповедника произошло 5 лесных пожаров общей площадью 4483 га.