Северная граница ботчинского заповедника проходит по водоразделу бассейна рек Мульпа и Топты и водоразделу между левыми притоками реки Ботчи и правыми притоками реки Коппи.
Западная граница проходит по водораздельному хребту между реками Бо-Джаус и Ботчи, по западной административной границы Совгаванского района до водораздела между реками Уйна и Неу.
Южная граница - по водоразделу между правыми притоками р. Ботчи и левыми притоками р. Нельма и далее по хребту Туманный.
Восточная граница проходит вдоль границы водозащитной лесной полосы в 10 км от побережья Татарского пролива.
Внутри заповедника населенных пунктов нет.