Климат в месте расположения заповедника – типичный для Приамурья и Приморья, с прохладным дождливым летом и морозной ветреной зимой. Он сильно зависит от рельефа местности и влияния моря. Хребты о. Сахалин прикрывают от резкого воздействия холодного Охотского моря, а хребты Сихотэ – Алиня представляют барьер для проникновения осенне–зимних северо – западных холодных ветров с материка.

Большое влияние на формирование растительного покрова оказывают также температурные инверсии, которые связаны с долинами горных притоков Ботчи и замкнутыми котловинообразными расширениями, образовавшимися в результате глубокого размыва легко разрушающихся пород. В этих углублениях из-за стекания со склонов и застоя холодного воздуха создаются более суровые условия для растительности и животных.