Территория заповедника гориста, расположена по восточным склонам хребта Сихотэ-Алинь. Высшая точка – гора Бо-Джауса (1679 м) расположенная вблизи его северо-западной границы. Сложную систему горных хребтов и отрогов прорезают широкие пади и бесчисленные распадки. Водораздельные горные гряды поднимаются всего до 600-800 м, изредка до 1000 м над уровнем моря. В прибрежной части хребты и их отроги переходят во всхолмленное плато со значительными отметками над уровнем моря.

В пределах заповедника хорошо выражены два высотных пояса: лесной (горно-таежный) и подгольцовый. Гольцовый занимают очень ограниченные площади.

Микро рельеф изобилует выходами на поверхность горных пород в виде отдельных скал, камней. На равнинных территориях микрорельеф мелкобугристый, а на заболоченных участках – кочковатый.

Геологически рельеф территории сформирован, в основном, базальтовыми лавами. В прихребтовой части основными подстилающими породами являются сланцы, кварциты, кварцитовидные песчаники. В восточной части преобладают песчано-гл инистые отложения. Долины рек сложены рыхлыми аллювиальными отложениями, подстилочными песчаниками и конгломератами.

Ботчинский заповедник уникален тем, что бассейн реки Ботчи является естественной границей межу южной маньчжурской и северной охотской тайгой, причем с явным преобладанием последней.

Ведущим фактором, определяющим структуру растительного покрова, является горный рельеф местности, влияние моря, пожары (особенно низовья реки Ботчи). Последние явились главной причиной изменения экосистем бассейна.